Suomen kansallisesti tärkeistä lintualueista Merenkurkussa on viisi:
Harrström
Pienen jokiuoman suulle muodostunut, osittain umpeenkasvanut, ruovikoitunut rantaniittyalue Korsnäsin eteläisellä rannikolla. Jokiuoman eteläpuolella kesäisin laidunnusta, Merenkurkun viimeisiä laidunnettuja rantaniittyjä. Matalan veden aikaan varsin hyvät lietealueet kahlaajille ja vesilinnuille. Alueen länsipuolisella saaristoalueella runsas pesimälinnusto (mm.isoja lokkikolonioita Lrid ja Lcan, Mernkurkun alueen vahvin merihanhikanta, kymmeniä lapasotkapareja jne…) Linnut käyttätävät säännöllisesti rantaniittyjä ruokailualueenaan. Jokiuoman pohjoispuolinen rantaniittyalue pahemmin umpeenkasvanut (ei enää laidunnusta), niityn itälaidalla kuitenkin varsin hieno pajupensaita kasvava niittyalue. Niittyalue rajoittuu rantametsiin/metsäsaarekkeisiin (pääasiassa harmaaleppää). Metsät osittain käsiteltyjä, mutta myös luonnontilaisia osia löytyy. Kokonaisuudessaan rantametsäalue pienialainen. Kuitenkin mm. pikkutikka ja satakieli jokavuotisia. Harrströmin kylä ja kalasatama sijaitsevat aivan rantaniittyalueen vieressä, mutta aleen linnusto on tottunut kalasatama-alueella liikkuviin ihmisiin.
Petolahden jokisuisto
Laakea jokisuistoalueen, rantaniittyjen ja rantametsien kokonaisuus Maalahden eteläisellä rannikolla. Rantaniitty monin paikoin umpeenkasvanutta. Suistoaluetta ympäröi leppämetsävyöhyke, missä paikoin hienoa rantalehtoa. Rantaniityt ja osa rantametsistä luonnontilaisia. Järviruoko muodostaa suistoalueella laajoja kasvustoja. Kohde kuuluu lintuvesiensuojeluohjelmaan ja on myös seutukaavan suojelukohde.
Vassorinlahti
Laaja ja sokkeloinen, suuren merenlahden muodostava Kyröjoen suistoalue Mustasaaren rannikolla. Maankohoamisen myötä syntynyt vesijättöä rannoille. Järviruoko kasvaa paikoin laajoina vyöhykkeinä. Omina vyöhykkeinään kasvaa saraa, lummetta, ulpukkaa ja kaislaa. Vesimäärä vaihtelee meriveden korkeuden mukaan. Joitakin loma-asuntoja on Vassorin kylän rannalla. Veneväyläruoppauksia tehdään, kalastollisesti tarpeellisiksi katsottuja ruoppauksia haluttu, mutta ympäristöhallinto ei ole suostunut. Vesikasvillisuutta joskus niitetty. Alue lintuvesien suojelukohde. Jakokunnan hallinnassa.
Halsön matalikot
Laaja matalikkoalue mantereen ja Halsön saaren välissä Korsnäsin edustalla. Alueet: 1. Västanlid, 2. Söderpåfjärden ja 3. Norrpåfjärden
Oravaistenlahti
Matala, särkkien ja pikkuluotojen kirjoma merenlahti Oravaisen kirkonkylän vieressä.
FINIBA-alueista löytyy lisätietoa BirdLife Suomen sivuilta. Pääset niihin tästä.